A nível nacional, o INCT pode estabelecer parcerias com as várias instituições públicas, incluindo os centros de pesquisas das universidades tanto públicas como privadas em Timor-Leste. Além de estabelecer cooperações com as instituições, o INCT estabelece também parceria com os doutorados timorenses para serem os principais associados da mesma instituição.
A principal parceria do INCT são os estudantes da Universidade Nacional de Timor Lorosa’e (UNTL), os das universidades privadas e os doutorados timorenses também, a fim de poderem ajudar a disponibilizar as pesquisas e os estudos já feitos para melhorar na toma das decisões mais precisas para o processo de desenvolvimento e garantir a sustentabilidade e prosperidade do país e do povo.