Em 2011, o V Governo Constitucional de Timor-Leste liderado pela Sua Excelência o Primeiro-Ministro, Kayrala Xanana Gusmão, o qual elaborou o Plano Estratégico do Desenvolvimento Nacional, mais conhecido como PEDN 2011-2030 como uma guia holística para o desenvolvimento económico e infra-estrutural de Timor-Leste incluindo o aumento da qualidade dos recursos humanos.
Inspirado pelo PEDN 2011-2030 para melhorar a qualidade dos recursos humanos citada no artigo 59o, n.o 4 da Constituição da RDTL que afirma. O Estado deve garantir a todos os cidadãos, segundo as suas capacidades, o acesso aos graus mais elevados do ensino, da investigação científica e da criação artística, assim o Ministério da Educação Timorense definiu que a ciência, a tecnologia e a inovação são os pontos importantíssimos que garantem a sustentabilidade e o desenvolvimento do país.
Nesse sentido o Ministério da Educação juntou-se com os vários intelectuais de variadas instituições a qual foi liderado pelo Dr. Afonso de Almeida, da Universidade Nacional de Timor-Lorosa’e (UNTL) a fim de elaborar o conceito para o estabelecimento dum instituto nacional com o fim desenvolver a ciência e a tecnologia em Timor-Leste.
Finalmente, no dia 3 de Setembro de 2014, o Conselho de Ministros do V Governo Constitucional aprovou a formação do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia (INCT) com o Decreto-Lei n.o 23/2014. De acordo com a última, o INCT é uma instituição pública a qual foi dotado de característica jurídica de ordem administrativa, financeira, autonomia patrimonial e preservar seus direitos intelectuais e editoriais segundo a lei e sem violar os procedimentos legais do país.
Inicialmente, as actividades operacionais do Instituto Nacional de Ciências e Tecnologia são supervisionadas pelo Gabinete do Vice-Ministro da Educação através da Direção-Geral do Ensino Superior. O Ministério da Educação nomeou temporariamente uma Secretária Executiva para executar as actividades operacionais e pesquisas sob a supervisão do Ministro de Educação.
Assim que o VIII Governo Constitucional assumiu o seu mandato em 2018 separou de imediato o papel que teve a Educação para o Ministério da Educação, Juventude e Desporto (MEJD) e Ministério do Ensino Superior, automaticamente o INCT está sob a autoridade do Ministério do Ensino Superior, Ciência e Cultura (MESCC). Em Maio de 2019, MESCC propôs um novo perfil do INCT ao Conselho do Ministros segundo o Decreto-Lei n.o 23/2014 sendo que o novo organograma é constituído pelo Conselho Geral, Conselho Científico, Conselho Fiscal e Conselho Executivo. Este novo perfil foi aprovado na reunião de Conselho de Ministros do VIII Governo Constitucional.
O Conselho de Ministros nomeou Dr. José Cornélio Guterres, Ph.D. e Dr. Afonso de Almeida, Ph.D. como Presidente e Vice-presidente respectivamente e propuseram Dra. Maria Elsa Diogo Correia como a nova Secretária Executiva. Segundo o Decreto-Lei n.o 23/2014, no dia 3 de Setembro, o Conselho Executivo responsabilizará das pesquisas nacionais bem como outras actividades operacionais do INCT pois este é uma instituição pública.